Ndër sëmundjet kryesore të rrënjëve, të cilat vijnë kryesisht nga sëmundjet që kanë bazën në tokë, janë si më poshtë:
- Fuzarioza (Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici):
- Verticilioza (Verticillium dahliae dhe Verticillium albo-atrum):
- Kalbja e qafës së rrënjëve (Pythium spp.):
- Nematodat e rrënjëve (Meloidogyne spp.):
- Kalbja e rrënjëve: (Rhizoctonia solani):
Për të menaxhuar dhe parandaluar këto sëmundje, rekomandohet:
- Përdorimi i farërave të certifikuara dhe të shëndetshme,
- Qarkullimi bujqësor për të shmangur dimerimin dhe akumulimin e patogjenëve në tokë,
- Përdorimi i fungicideve kryesisht me bazë të bakrit dhe nematocideve kur është e nevojshme,
- Sigurimi i drenazhimit të mirë të tokës për të parandaluar lagështinë e tepërt.